在北美，兽医接诊的患者中约有5%患有各种先天性缺陷。据报道，猪的发病率最高，猫的发病率最低。在有发育缺陷的动物中，每20只就有1只存在多种异常情况。
肌肉骨骼系统异常
肌肉骨骼畸形是迄今为止猫和其他物种中最常见的发育问题。它们的发生通常是由于胚胎中原始管状结构未能正常闭合。
裂体畸形是一种致命的发育异常，其特征是腹部有裂缝，后肢缺失或发育不全。曾有两只患有这种缺陷的小猫，出现了通过腹部裂缝的严重内脏疝以及畸形的后肢。其中一只还伴有腭裂。
原始神经管若未能正常闭合，可能会在从头至尾的任何部位导致多种不同的缺陷。脑脊膜膨出是脑脊膜通过颅骨或脊柱的缺损处突出。曾有描述过一只患有脑脑脊膜膨出的小猫。如果这种情况相对较轻，且大脑中不存在其他发育异常，那么有可能进行矫正。然而，在已报道的病例中，这只小猫还同时存在胼胝体、透明隔和海马联合发育不全的问题。
露脑畸形是在死产小猫中最常见的先天性畸形之一。它是面部和头部的多种缺陷的组合，包括颅骨背侧开口，脑脊膜或脑突出，眼睛凸出，并且通常伴有腭裂。露脑畸形还与其他胚胎管状结构缺陷相关，例如颅脊柱裂、脊柱侧凸和反裂体畸形。
脊柱裂涉及形成椎管的那部分神经管未能闭合。一只患有胸腰段脊柱裂的小猫存活了下来，但它无法控制畸形的后肢。一种较为轻微的骨性椎管异常闭合形式，称为脊柱裂，已在大量小猫中被发现（图20）。这种疾病在腰椎最为常见。闭合缺陷有时会伴有脊髓或脑脊膜突出，和/或脊髓发育异常。这种异常在曼岛猫中最为常见，它们存在脊髓的遗传异常。受影响的小猫在临床上可能表现正常，或者出现不同程度的后肢共济失调和步态异常。由于腰骶椎发育异常，大小便失禁也可能成为一个问题。
椎体异常在猫中很常见，通常没有临床意义。大多数是在常规X射线检查中发现的。最常见的椎体异常是存在第十四胸椎，即过渡椎。在整个脊柱中也可能发现不完全或融合的椎体，但大多数集中在胸椎和尾椎。尾椎的椎体异常通常会导致尾巴扭曲。尾巴扭曲的异常可能具有遗传基础。曾有报道过一只没有尾巴、骶椎异常且患有脊柱裂的猫。
曾有描述过一只3岁的猫，它存在颅骨、脊柱和肩胛骨的多种骨骼缺陷。这只猫的颞枕骨和顶骨缩短，颈椎融合，胸腰椎中间椎体畸形，腰骶过渡椎融合，以及肩胛骨异常。
肢体异常在家猫中也很常见。四肢缺失是指完全没有肢体。这种罕见的缺陷在猫中仅被描述过一次。曾有描述过一种以前肢骨骼发育停滞为特征的异常。这些所谓的“袋鼠猫”具有独特的外观（图13）。这种缺陷通常出现在雌性猫身上，并且可能是遗传性的（见遗传性疾病部分）。后肢缺失是由后肢发育不全引起的异常（图21）。在猫中报道的一例这种情况并非致命。缺指（趾）畸形是指一个或部分指（趾）的形成不当，已被描述为家猫前爪可能的遗传缺陷。并指（趾）畸形是指指（趾）的融合。这种缺陷很罕见，但曾有在猫身上报道过。多指（趾）畸形是指存在额外的指（趾），最常见于前爪。这是猫最常见的遗传缺陷之一（见遗传性疾病部分）。桡骨半肢畸形是由桡骨发育不全引起的，曾在一只猫身上被描述过。关节挛缩是指四肢关节处的先天性纤维性强直（融合）。这种情况影响了一只2个月大小猫的所有四条腿。
唇裂是由于形成颅骨中线，特别是上唇的胚胎管未能闭合所致。这种缺陷还可能涉及鼻腔和口腔之间的裂隙（在此过程中涉及上唇），或者上唇和硬腭之间的裂隙。
腭裂，有时会延伸至鼻腔或口腔，是猫最常见的缺陷之一（图14）。近亲繁殖会增加这种疾病的发病率，这表明其受很强的遗传影响。在暹罗猫中已描述过这种疾病的遗传形式。一些药物，如灰黄霉素，也被认为与这种疾病有关。受严重影响的小猫在哺乳时会遇到问题，并且通常会将奶吸入肺部。对于这么小的动物，手术矫正很困难。
软腭裂在猫中很罕见。受影响的猫的喉咙呈现出类似鸟类喉咙的外观（鸟类的软腭天生有裂隙）。在生命的最初几个月，这个问题通常不会被注意到。常见的主诉是慢性鼻腔感染，主要是由于食物从口腔反流到鼻腔。主人可能会注意到猫在进食或饮水后打喷嚏。在这些发作期间，有时可能会在鼻腔分泌物中看到食物。
漏斗胸是猫较为常见且可处理的肌肉骨骼异常之一。受影响的小猫出生时胸部和骨盆扁平。它们的腿向侧面伸展，而不是在躯干下方，并且它们经常通过四肢的“游泳动作”移动；因此它们有个昵称叫“游泳小猫”。游泳小猫的发育基础尚不清楚。近亲繁殖似乎会增加其出现频率，并且一些母猫可能会生出几只患有这种疾病的小猫。然而，还有其他间接证据表明，这种情况也可能是由外部因素导致的，例如药物或饮食。对于受严重影响的小猫，心脏受压可能会危及生命。严重胸部受压的小猫可以用牵引缝线和石膏进行治疗，但年龄较大的猫可能需要进行手术重建。受轻度影响的小猫通常会随着成长摆脱这种状况。随着它们开始更多地使用四肢，它们会学会调整并将腿放在躯干下方。尽管它们长大后可能仍会保留一定程度的胸部扁平，但在其他方面功能正常。
一些长毛波斯猫出现面部过度凹陷的情况，因其与京巴犬的面部相似而被称为“京巴脸”。这可能是该品种中通常与面部结构相关的多基因及其修饰基因的过度表达。“京巴脸”已被培育到一些美国波斯猫中，并被认为是正常的。
曾有描述过一只患有小颌畸形（下颌后缩）的猫，其下颌支发育不全，与异常的骨化中心有关。
牙齿异常在猫中很常见。除了导致上颌前突或下颌前突的颌骨发育异常外，还观察到了几种明显的异常情况。犬齿错位就是这样一个问题。当下犬齿完全长出时，会撞击上牙龈。这会导致进食时疼痛，并且在上牙龈被犬齿尖端穿透的地方形成溃疡。必须将犬齿磨短或拔掉。牙齿完全缺失的无牙症曾在一只猫身上被报道过。在一些猫中已发现部分或完全的牙釉质发育不全。下面的牙本质暴露出来，导致牙齿粗糙、呈棕色。这些动物会有龋齿问题。受影响的牙齿可能会被从牙龈延伸出来的红色炎性组织覆盖。牙釉质发育不全不会在胎儿期开始，因为牙釉质的形成发生在出生后。高烧、药物和一些未知因素会以某种方式影响正在发育的牙胚中牙釉质的形成。
一些缺陷与异常的孪生有关。面部重复畸形，即出现两张脸，已在猫中被描述过（图22）。这种缺陷通常在一天左右内是致命的。由于一只孪生小猫的后躯与另一只的身体融合而导致的后部孪生，已在猫中被描述过（图23）。曾有报道过一只猫的头部两侧各有一对额外的小耳朵，据认为这是一种隐性遗传缺陷。在尸检中曾描述过一只“镜像猫”。所有正常情况下在右侧的内部器官都在左侧，反之亦然。这只动物可能是同卵双胞胎之一。
软组织疝可能是发育性的，也可能是后天获得的。脐疝涉及胎儿脐血管进入处的体壁缺陷。如果缺陷足够大，大网膜和网膜脂肪的部分会突出，在脐血管周围的皮肤下形成特征性的穹顶状隆起。在某些情况下，疝可能会进入尿囊的残余部分。如果缺陷更大，内脏也可能进入疝囊。在一些动物中，这种情况可能有遗传基础。它也是一种常见的后天获得性异常。如果母猫未能切断脐带，新生小猫可能会拖着附着的胎盘并撕裂体壁。当母猫未能切断一窝小猫的所有脐带时，这个问题尤其严重。小猫们的脐带会缠绕在一起。随着它们缠绕得越来越紧，最终它们会通过脐带根部连接在一起。在这种情况下，内脏疝、肢体绞窄和脐疝很常见。尽管这是一种后天获得的情况，但至少有一份报告错误地将其描述为脐带的发育异常。
曾有描述过一只小猫患有先天性腹壁裂并伴有部分内脏外露。一只具有相同缺陷的同窝小猫还患有胸壁裂、反裂体畸形和腭裂。
腹股沟疝涉及腹股沟管发育薄弱，血管、神经、淋巴管和下降的睾丸通过腹股沟管。在猫中，它被报道为一种发育异常。这些疝通常相当小，主要涉及浆膜、浆膜脂肪，很少涉及腹腔内脏。
膈疝也可能是发育性的或后天获得的。有人提出了一种涉及简单隐性遗传的遗传形式。据报道，每500次出生中就有多达1例。后天获得性膈疝通常涉及创伤，不过在许多情况下可能存在易患的发育性薄弱。有些涉及腹腔和胸腔之间的连通，通常涉及心包囊（心包膈疝）（图24）。肝脏和肠道常常出现在胸腔或心包囊中。这些猫通常会有呼吸困难的问题，或者可能患有心脏压塞、心力衰竭或模糊的胃肠道症状。食管裂孔疝涉及食管进入胃的部位的膈肌薄弱，也已在猫中被发现。如果食管裂孔疝足够大，会导致胃贲门滑入胸腔。当胃液反流到食管时，这个问题在临床上就很重要。胃内容物反流会导致食管炎以及持续的呕吐或反流。
神经和眼部异常
中枢神经系统和眼睛的先天性缺陷的发生频率仅次于肌肉骨骼系统的缺陷。小脑发育不全可能是猫中枢神经系统最常见的发育问题。在大多数情况下，它是由胎儿感染猫泛白细胞减少症病毒引起的。在妊娠最后三个月亚临床感染该病毒的母猫最容易生出患有这种疾病的小猫。该病毒选择性地破坏小脑的浦肯野细胞层。受影响的小猫出生时小脑萎缩变小（图25）。在它们开始行走之前，看起来是正常的。由于小脑对本体感觉（空间运动）很重要，这些小猫在开始行走时会显得不协调。它们在移动时，四肢和头部常常会有特征性的运动过度（夸张的屈伸）。除此之外，这些小猫是正常的，并且是很好的宠物。随着它们长大，它们会学会带着缺陷生活，但永远无法达到正常的步态和本体感觉。
脑积水，或“脑水肿”，是由脑脊液使脑室扩张引起的。基本缺陷是无法将脑脊液从脑室运输到脑膜间隙和 bloodstream。患有脑积水的小猫出生时头骨比正常的大，囟门（头骨骨头汇合处头部的软点）开放。脑室的逐渐扩张会导致上方的大脑皮层受压萎缩。受轻度影响的小猫缺乏正常的智力，表现为对外界刺激的反应降低。然而，这种情况往往在小猫生命的最初几周内是致命的。在暹罗猫中，这种情况可能是可遗传的。它还与其他缺陷有关，如腭裂、唇裂、畸形足（足部畸形）或全身性水肿。
曾有描述过一只猫胼胝体发育不全，导致慢性癫痫样发作。
独眼畸形与正在发育的眼睛的中线融合有关。因此，独眼小猫有一只位于中央的大而畸形的眼睛。它常常与头骨和相邻皮肤的其他缺陷有关。这种情况必然是致命的。
小眼畸形是指眼睛异常小的一种情况。曾在一只猫身上报道过一次，但这并不是一种罕见的缺陷。它常常与眼球内陷、白内障或其他眼部异常有关。
白内障是晶状体的混浊。在小猫中，它常常与其他眼部异常有关，如小眼畸形、持续性瞳孔膜和持续性玻璃体动脉。
晶状体异位在小猫中很罕见。它们通常是由于晶状体悬韧带或小带纤维发育不完全导致晶状体向后或向前脱位引起的。它们可能与小晶状体（小晶状体）有关。脱位的晶状体常常会变成白内障，如果不切除会导致青光眼。
皮样囊肿是上皮的残留生长物（含有毛发、皮脂腺和色素），常常在角膜缘旁边的巩膜上被发现。有时它们会延伸到角膜上。如果它们不引起角膜刺激和感染，可以不处理。当它们引起问题时，就需要切除。
青光眼是由于房水过度积聚和随之而来的眼内压升高导致眼球增大。它通常与虹膜基部专门排出睫状体产生的房水的结构缺陷有关。这种缺陷在小猫中相对罕见。
圆锥角膜是指从侧面看时角膜呈圆锥状扩大。中央角膜常常薄而混浊。小角膜是指前角膜过小。大角膜是指宽而扁平的角膜。
眼睑闭合不全是指眼睑不能完全闭合。这会导致中央角膜干燥。由于眼泪对于维持角膜的湿润和抵御感染至关重要，这种情况常常会导致角膜炎和难以治疗的中央角膜溃疡。这种情况在面部缩短的品种中尤其常见。
角膜混浊或营养不良在小猫中并不罕见。它们常常是由附着在角膜内表面的持续性瞳孔膜带，或由未知病因的基质水肿引起的。
与异常鼻泪管引流相关的持续性流泪通常是由泪湖或眼睛和鼻子之间的鼻泪管异常引起的。泪湖（由眼睑形成的小袋，靠近鼻泪管开口）的缺陷是面部缩短和眼睑闭合不全品种的一个问题。眼泪通常不会在鼻泪管开口处积聚，从而阻碍它们流入鼻泪管。相反，眼泪会溢出下眼睑。过度流泪也可能是由鼻泪管开口（鼻泪管的开口）闭锁引起的。开口位于上下眼睑的内侧表面。在所有这些情况下，受影响的小猫会表现出持续流泪、眼睛周围毛发变色，有时还会出现继发性感染性结膜炎。
缺损是眼睑、虹膜、脉络膜或视神经的圆形发育异常。这些发育异常常常在不同程度上同时发生。眼睑的缺损常常与虹膜异常有关，而脉络膜缺损常常与视网膜、巩膜和视神经异常有关。
眼睑异常在小狗中很常见，但在小猫中很罕见。曾有描述过一只或两只上眼睑外半部分发育不全的情况。大多数这些猫有从虹膜延伸到角膜后表面的持续性瞳孔膜束。虹膜切迹缺损、视盘增大、巩膜扩张和脉络膜发育不全是眼睛后部的缺损。内翻是指上眼睑或下眼睑的异常内折，而外翻是指外折。这两种异常在猫中都很罕见，不过内翻在一些波斯猫中可能很常见。
视网膜退化可能是遗传性的或后天获得的。最常见的后天获得性退化与低牛磺酸饮食有关。牛磺酸缺乏的母猫所生的小猫患有心肌病和视网膜退化。通过检眼镜检查，视网膜病变的特征是中央区域的透亮度增加和反光增强（光反射增加）。
胸腔器官异常
心脏在胚胎发生早期由一系列复杂的事件形成。因此，心血管系统存在一些发育异常也就不足为奇了。心室间隔缺损在猫中特别常见。由此导致的心脏两个主要腔室之间的孔洞通常相当大，大多数受影响的小猫在断奶前死于心力衰竭。房间隔缺损在猫中不常见。如果足够大，它们也会在生命早期导致心力衰竭。
新生儿心内膜纤维弹性组织增生症是年轻纯种小猫常见的异常情况。受影响的动物会出现心脏扩张，伴有心内膜增厚和纤维化。它们通常在生命的最初几周或几个月内死于心力衰竭。有充分的证据表明，这种疾病与年龄较大的猫的扩张型心肌病相同，并且当母猫和小猫食用缺乏氨基酸牛磺酸的饮食时会发生这种疾病。
动脉导管未闭是由于动脉导管在出生时未能闭合。动脉导管是一种胚胎时期的连接，将血液从肺动脉分流到主动脉，从而绕过未膨胀、无功能的胚胎肺。当出生时肺充气膨胀时，这种分流通常会闭合。动脉导管未能闭合会导致血液从高压的主动脉侧过度分流到低压的肺动脉侧（左向右分流）。患有动脉导管未闭的猫相对常见。这种情况可能有遗传基础。受影响的动物通常能活到成年，有些可能寿命很长。然而，其他的最终会发展为心力衰竭。
主动脉瓣狭窄是猫相对常见的异常情况。它包括主动脉瓣或主动脉流出道的狭窄。狭窄可以是瓣膜上的或瓣膜下的。大多数受影响的猫能活到青春期或成年。然而，如果狭窄严重，最终会发展为心力衰竭。
肺动脉瓣狭窄在猫中比主动脉瓣狭窄少见得多。它涉及肺动脉瓣水平的肺动脉狭窄或瓣膜下狭窄。也曾有描述过它与主动脉肺动脉间隔缺损同时存在的情况。它可能会在以后的生活中导致心力衰竭。
曾有描述过一只年轻的猫患有三尖瓣狭窄，伴有房间隔缺损和右心室发育不全。这只小猫患有心力衰竭，并且通过心血管造影证实了这种疾病。
在一只健康的4个月大小猫身上观察到了大血管转位，它有心脏杂音。在这种情况下，主动脉起源于右心室的背侧，肺动脉起源于左心室的背侧，位于心室间隔的另一侧。这会导致动脉导管未闭和心室间隔缺损。
主动脉右位（主动脉向右侧移位），使其覆盖在右心室上方，是一种罕见的缺陷，其发育病因不明。唯一有记录的猫的病例是在尸检时发现的。这只动物还存在心室间隔畸形和心房畸形。曾有描述过猫的共同动脉干。患有这种异常的猫的主动脉、冠状动脉和肺动脉有一个共同的主干，起源于心室间隔的缺损。与主动脉右位一样，这种情况会迅速致命。
曾有描述过猫的持续性共同房室通道。这涉及心房和心室间隔的缺损，伴有异常的房室瓣。受影响的猫相对年轻就死于心力衰竭。曾有描述过一只猫患有类似于人类陶西-宾综合征的多种异常。这只动物有心室间隔缺损、主动脉右位、肺动脉骑跨并向左移位，以及肺动脉瓣狭窄。这种情况会迅速致命。几只猫也曾被描述患有类似于人类法洛四联症的发育异常，这种缺陷包括心室间隔缺损、肺动脉瓣狭窄、主动脉右位和右心室肥厚。受影响的动物会在不健康的状态下存活数周或数月，最终死于心力衰竭。类似的多种心脏缺陷也有过描述。这些基本上是上述各种缺陷的组合。受影响的小猫生长发育迟缓，并在数周或数月内死于心力衰竭。
曾有描述过肺动脉干发育不全的情况。在极端情况下，动物几乎从出生就呼吸困难，并在幼年死亡。有些动物可能存活到青春期或成年。
在一只2岁的暹罗猫身上观察到先天性单侧右肺动脉缺失，它出现急性呼吸困难和左肺叶水肿。尸检时，右肺叶大小仅为正常的四分之一，右肺动脉缺失。两条小的异常动脉从主动脉通向右肺下叶的实质。左心室增厚。
动静脉瘘是指大动脉直接与静脉相连，中间没有毛细血管床。如果瘘口较大，氧合血会从组织分流走，心脏的负荷会加重。一只5个月大的波斯小猫出现呼吸困难和颈部肿胀，它存在异常的臂内动静脉交通。
猫中也曾描述过胚胎期右主动脉弓持续存在的情况。这种情况本身并不涉及循环系统。持续存在的胚胎期右主动脉弓在经过心脏时环绕着食管。临床症状是由食管狭窄以及狭窄近端的扩张引起的（图26）。它通常会导致进食后不久食物反流。服用钡剂后可以看到这种缺陷。食管扩张的近端部分常常含有毛球。
曾有描述过一只6个月大的雌性小猫死于充血性心力衰竭，它患有三房心。在三房心的情况下，肺静脉进入一个附属左心房。真正的左心房和附属左心房通过一个狭窄的开口相连，从而阻碍了肺静脉回流。
食管贲门失弛缓症或巨食管症是由于食管下括约肌在食物团出现时无法松弛引起的（图27）。这在猫中是一种不常见的缺陷，被认为可能有遗传基础。主要的临床症状是进食后不久反流。受影响的猫和未受影响的猫的食管肌间神经节数量相似，这表明这种缺陷与小狗的食管贲门失弛缓症不同。
在一只年轻猫的尸检中发现了膜部室间隔动脉瘤。动脉瘤延伸到三尖瓣的瓣尖下方。
肺部的异常相对较少见。猫中曾发现右肺叶或左肺叶发育不全的情况。这种情况通常没有症状，是在因其他情况进行X射线检查时发现的。心脏会典型地向缺失肺叶的一侧移位。
腹部器官异常
猫的肾脏有几种特定的发育异常。单肾，通常是左肾，是猫常见的发育异常，尸检中每1000只动物中有2例。单个左肾通常由于代偿性肥大而比正常的大。这种情况通常没有症状，是在因其他情况进行常规腹部触诊时发现的。右肾要么完全缺失，要么小且畸形。在右肾发育不全的雌性猫中可能会出现子宫和输卵管缺失的情况。
肾异位是指一个或两个肾脏的先天性位置异常；它常常与正在发育的肾脏融合有关。猫中的发病率约为每1000只动物中有5例。雄性猫比雌性猫更常发生，通常是在尸检或因肾病进行临床检查时偶然发现的。肾脏有时会移位到盆腔区域。在一只猫中，发现一个异位肾嵌入肝脏中。移位的肾脏常常会出现肾积水、肾盂肾炎和结石形成的情况。
两个肾脏的融合，通常在它们的尾极（马蹄肾），在猫中很常见。肾脏常常由一条薄的纤维索或一条狭窄的肾组织带连接，使肾脏呈现出马蹄形。在某些情况下，连接组织更为坚实，形成单侧融合肾。
多囊肾异常在猫中很常见。这样的肾脏含有几个或许多小豌豆大小的囊肿。这种情况涉及肾小管的畸形，并可能由于进行性纤维化导致肾衰竭。这种情况可能是可遗传的。它还与肝脏和胰腺的囊性变化有关。
肾周水囊瘤，或肾周假性囊肿，是猫常见的发育异常。它通常在临床上没有症状，是通过腹部触诊或X射线检查偶然发现的。在这种情况下，肾包膜下有明显的类似淋巴液的物质积聚，导致肾肿大。这种异常可能涉及异常淋巴管与肾包膜下间隙的连通。有人尝试过切除假性囊肿。然而，如果可能的话，应该避免这样做，因为在某些情况下它可能会导致腹水。
猫的输尿管异常与人类和其他动物中描述的类似。输尿管异位是指一个或两个输尿管没有在正常位置进入膀胱的情况。猫中单侧和双侧输尿管异位的发生频率大致相同。雌性猫比雄性猫更常受影响，并且大多数病例在猫达到6个月大之前被诊断出来。最常见的终止位置是进入尿道；进入阴道的情况要少得多。尿失禁，通常在2到6个月大时明显，是最常见的主诉。会阴尿液烫伤和皮炎也很突出。在一些猫中，尿失禁不是主要症状。尿液长期积聚在阴道或尿道中，会导致细菌性膀胱炎。在这些猫中，主要的症状是排尿困难、尿频和血尿。仅因尿路感染症状而就诊的输尿管异位的猫，就诊时的年龄往往比有尿失禁症状的猫大（6到72个月）。输尿管积水和肾积水是输尿管异位常见的并发症。在一小部分受影响的动物中，单侧肾发育不全和外阴异常可能伴随输尿管缺陷。输尿管异位的治疗方法是手术。将异常的输尿管移植到膀胱中，或者在单侧异位的情况下，切除受影响的肾脏和输尿管。手术矫正通常可以解决尿失禁或感染问题。
膀胱的异常是由于胚胎泄殖腔的异常分化导致的，通常会导致膀胱与结肠、膀胱与子宫或脐尿管未闭之间的连接。结肠与膀胱或子宫与膀胱之间的连接通常会导致尿路感染及相关症状。脐尿管是胚胎时期膀胱与脐血管之间的连接，胎儿用它来排出废物。脐尿管在出生时闭合并萎缩。脐尿管明显未闭的小猫会从脐部滴尿。在不太严重的情况下，腹腔内的脐尿管仍然开放，但脐部连接闭合。这会导致膀胱颅腹极出现腹腔内憩室。如果憩室足够大且壁薄，它会导致膀胱内尿液积聚、尿路感染的发生率增加，并且可能会增加鸟粪石结石的发生率。一只猫的憩室破裂导致腹腔内尿液积聚和腹膜炎。
尿道异常在猫中很罕见。曾有描述过一只小猫的异位尿道完全开口于直肠。这种异常还与结肠闭锁有关。在一只年龄较大的猫中曾发现一个小的尿道直肠瘘。这只猫由于慢性尿路感染出现尿频、排尿困难和血尿。尿道麻痹或畸形导致尿失禁，常常与严重的尾部脊柱畸形有关，尤其是在曼岛小猫中（见曼岛猫缺陷部分）。
胰腺、肝脏、胆囊和胆总管的发育异常在猫中相对不常见。在肝脏中曾发现肝囊肿，有时与多囊肾病或持续存在的脐尿管有关。在对年龄较大的猫进行尸检时偶然观察到直径大于1厘米的胰腺囊肿。不确定它们是在出生时就存在还是后来发展形成的。曾在几只表现出生长不良和严重黄疸的年轻猫中发现胆道闭锁。它涉及较小的肝内胆管系统，通常是致命的。持续性静脉导管并不少见。静脉导管是胎儿时期肠系膜门静脉血绕过肝门静脉系统的分流通道。如果这种分流未能闭合，会使来自肠道的静脉血直接分流到下腔静脉。这会损害肝脏发育，并极大地抑制从肠道解毒和处理营养物质的能力。受影响的猫通常在肝脏、脾脏或小肠与下腔静脉之间有一个单一的分流，并表现出周期性痴呆、昏迷、共济失调、过度流涎、行为改变（躲藏、攻击性、嚎叫、食欲增加、甩尾）、不适和嗜睡等症状。这种分流可以通过手术闭合。
先天性小肠和大肠发育不全是在出生后几天内死亡的小猫中常见的发现。肛门闭锁是指先天性的肛门狭窄或缺失。受影响的小猫可能会存活数天到数周，不过它们的生长会受到影响，腹部会因充满粪便的内脏而膨胀。
急性胃破裂被报道为阿比西尼亚猫和索马里猫小猫常见的死亡原因。小猫在短暂的虚弱和萎靡后，在出生后的第一周左右死亡。尸检时，胃破裂，腹腔内充满了食物。这种疾病可能有遗传基础。
曾在一只6天大的波斯小猫中观察到幽门狭窄。这只小猫在4天内逐渐衰弱，在哺乳时从鼻子反流乳汁。尸检时，胃因食物而极度扩张，幽门狭窄。在一些猫中，这种情况可能是可遗传的（见遗传性疾病部分）。
猫的巨结肠通常是后天获得的（拉尾损伤、衰老），但也可能是发育性的。大多数患有发育性巨结肠的猫是曼岛猫。尾椎缩短，即使在出生或成年早期没有临床表现，也可能与后期结肠的进行性扩张有关。这是由于出生时结肠神经支配相对缺乏，以及剩余神经和神经丛最终耗尽。一些非曼岛小猫可能出生时就患有结肠肌间神经丛发育不全。它们会出现不适、慢性便秘和腹部因硬便而膨胀的症状。这种情况可以通过手术切除结肠来矫正。
持续性泄殖腔在小猫中是一个罕见的问题。在这种情况下，尿液和粪便有一个共同的排泄口。它通常涉及肛门闭锁，结肠终止于尿道。由于尿道开口狭窄，受影响的猫通常会严重便秘，临床表现类似于患有巨结肠的猫。有这种缺陷的小猫腹部可摸到硬便团块，生长速度比正常小猫慢。如果肛门括约肌的肌肉仍然完整且可以识别，可以将结肠移植到正常位置。
生殖系统异常
隐睾症是指一个或两个睾丸在从肾脏附近向阴囊迁移的胚胎期和出生后的过程中，在某个位置停留未降。由于它可能源于遗传，受影响的动物不应用作种猫。大多数未降的睾丸可以在腹股沟管中找到，这是手术探查的第一个部位。如果在这个位置没有找到，就应该探查腹腔。未降的睾丸通常会萎缩，不能产生正常的精子。然而，它可以产生雄性激素，因此隐睾猫的行为可能像正常的雄性猫。隐睾症的病因可能是遗传的，也可能是非遗传的。在某些情况下，睾丸的迁移可能会延迟，直到猫4到8个月大时睾丸才会降到阴囊中。这可能会在兽医和猫主人之间引发问题。如果兽医只切除了阴囊中的睾丸，几个月后猫可能会再次就诊以切除另一个睾丸。单睾症是指一个睾丸未能发育。小睾丸症是指睾丸过小。
卵巢发育不全是指双侧卵巢小，卵泡发育不完全。单侧卵巢发育不全常常与X染色体异常和嵌合现象有关（见遗传性疾病部分）。猫的子宫有几种异常情况曾被描述过。一个或两个子宫角可能通过一小束结缔组织与子宫体相连。孤立的子宫角常常会扩张。子宫角可能在其部分行程中融合，或者长度不相等。一个子宫角可能完全缺失，或者仅作为一条薄的纤维索存在，这种情况称为单角子宫。子宫角缺失可能与同侧肾脏发育不全有关。
雌雄同体是指同一动物体内同时存在雄性和雌性生殖腺组织。曾有描述过一只猫体内有一个卵巢/睾丸，体外有一个睾丸。假雌雄同体是指具有一种性别的生殖腺，但外生殖器让人对其实际性别产生疑问。这种疾病在猫中很罕见。
乳腺的发育异常在猫中相对不常见。多乳腺症，即存在完全有功能的额外乳腺，曾有过描述。多乳头症是指一个乳腺上有多个乳头；它常常与多乳腺症有关。猫的乳腺导管和乳池的异常也曾有过描述。这些异常与皮脂腺导管开口进入乳腺导管、乳头基部附近的乳腺导管盲端、进入乳腺导管管腔的与皮脂腺相关的毛发，以及两个乳腺导管有共同起源有关。
先天缺陷的流行病学背景更新
原文指出猫在兽医门诊中的先天缺陷发生率相对较低，这一数据在近年未出现根本变化。然而，随着高端育种实践增加和宠物医疗可及性的提升，许多过去难以确诊的微小结构性缺陷（如轻度脊柱裂、牙釉质发育不全、轻型腭裂）现在可在出生或幼猫阶段被早期发现。另一方面，兽医文献报告中猫类特定遗传发育缺陷的病例数量逐年增加，这可能更多反映了诊断水平的进步而非实际患病率的上升。
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